Setelah berpikir cukup lama, akhirnya ia menyetujui ajakan istrinya untuk berkunjung ke Mataram.
Pada hari yang telah ditentukan, Wanabaya III bersama rombongan berkunjung ke Mataram.
Baca Juga: Sihir memang nyata, berikut penjelasan ulama dalam mengatasi sihir dengan sihir
Sesampainya di perbatasan kotaraja, kepala Prajurit Mataram menyarankan agar tidak semua prajurit Wanabaya III ikut ke Mataram.
Wanabaya III meminta dua prajurit sebagai pengawal dan lainnya disuruh kembali ke Mangir.
Kepala prajurit Mataram pun mengizinkannya masuk ke Mataram.
Ratu Pembayun dan Wanabaya III datang menghadap Panembahan Senopati.
Ratu Pembayun mencium kaki Panembahan Senopati sebagai tanda berbakti, demikian juga Wanabaya III.
Pada saat itulah, Panembahan Senopati menarik rambut Ki Ageng Mangir dan menjebloskan di Watu Gilang hingga meninggal.
Baca Juga: Beberapa prinsip utama Strategi Pembelajaran Berbasis BBL, diantaranya otak adalah prosesor paralel
Mengetahui hal itu, Ratu Pembayun menjerit dan pingsan. Bagaimanapun ia adalah suami tercinta.
Jenazah Wanabaya III dimakamkan di Kotagede.
Sebagian makamnya berada di dalam tembok makam sebagai simbol menantu, dan sebagian berada di luar tembok makam
karena dianggap sebagai musuh. Tentu saja Ratu Pembayun berduka cita karena kematian Ki Ageng Mangir.
Namun Pembayun pun sadar, ia putri Panembahan Senopati, Raja Mataram.