Berakhirlah Kerajaan Pajang, dan kejayaan kerajaan Islam diteruskan oleh Mataram Panembahan Senopati.
Sementara itu, zaman yang terus berganti lambat-laun membuat sejarah Pajang zaman Joko Tingkir nyaris terlupakan.
Sedikit saja benda-benda peninggalan Joko Tingkir yang masih bisa ditemukan. Bahkan, petilasan Keraton Pajang di Sukoharjo, Jawa Tengah, tak banyak menunjukkan adanya bekas bangunan keraton.
Petilasan Keraton Pajang berada di Desa Makamhaji, Kartasura, Sukoharjo, Jawa Tengah.
Di petilasan tersebut, ada tempat yang dulu sering digunakan bertapa oleh Raja Pajang Joko Tingkir.
Konon sebelum diketahui sebagai petilasan Keraton Pajang, tempat tersebut dikenal gawat dan keramat. *