Ratusan prestasi di bidang Akademik dan menghantarkan Fadhil Mufti Putra Fatria berhasil diterima di University of British Columbia dan University of Toronto di Kanada, University of Sydney, Monash University, dan University of Western di Australia dengan Beasiswa Indonesia Maju, Muhammad Farrel Nugroho berhasil lolos masuk University of Western Australia dengan Beasiswa Indonesia Bangkit, dan tahun 2024 Karang Jimbaran Setyatrisila berhasil di University of Toronto for summer program dari Beasiswa Indonesia Maju.
Inovasi Sistem Informasi Digital MAN 1 Yogya (SiDimas) telah mengalami perkembangan mulai dari Website, E-Library, E-Office, MANSA Blended Learning, Siakad. MAN 1 Yogyakarta juga memberikan pelayanan online di semua platform media sosial, call center dan BK online. Fasilitas seperti Multimedia, Ruang Broadcasting (TV, Radio dan Merci Podcast), Laboratorium Komputer dan Laboratorium Bahasa, Kelas Digital, studio music, Aula dan ruang meeting telah disiapkan untuk menunjang digitalisasi di MAN 1 Yogyakarta.
MAN 1 Yogyakarta sejak 2016 telah menerapkan penumbuhan kesadaran karakter anti korupsi hal ini tercermin dalam kegiatan MAN 1 Yogyakarta Bersama KPK pada program Anti Corruption Learning Center, kantin kejujuran, Talkshow Eksistensi Madrasah Mewujudkan Pemimpin yang berintegritas dan bermartabat, serta membangun kesadaran Hukum.
MAN 1 Yogyakarta akan terus berkomitmen menjadikan MAN 1 Yogyakarta sebagai lembaga yang memberikan pelayanan prima, berintegritas dan Akuntabel.
Program Tahfiz telah menjadi program prioritas MAN 1 Yogyakarta. Pada tahun 2023 MAN 1 Yogyakarta berhasil mewisuda 125 santri, 11 di antaranya merupakan hafiz 30 Juz.
MAN 1 Yogyakarta telah menjadi pelopor Dialog Lintas Agama bagi Pelajar Jogja yang membahas Isu-Isu dan Peran Pelajar dalam ikut berkontribusi menyelesaikan masalah sosial seperti Radikalisme, Klitih, Bullying, Vandalisme dan Sampah. Meningkatkan budaya literasi dengan menulis buku antologi, budaya penelitian ilmiah, Angkringan buku, dan ruang konseling keagamaan.
Hal tersebut kemudian membawa Prestasi di bidang moderasi dengan diraihnya Gold Medal International Conference of Young Social Scientists (ICYSS) Belgrade, Serbia. Dan tahun 2023 MAN 1 Yogyakarta dinobatkan menjadi Juara 1 Madrasah Moderasi Beragama Tingkat Nasional. *
