Keberadaannya kemudian dilindungi pemerintah melalui UU No 5 Tahun 1992 tentang Benda Cagar Budaya.
Minimnya informasi membuat Stupa Glagah ini menjadi misterius, dan selalu membuat orang penasaran.
Sementara itu, kisah tutur setempat mempercayai jika Stupa Glagah dibangun oleh Adipati Cangak Mengeng.
Cerita tutur setempat menyebut, jika pada masa itu Padukuhan Sidorejo Glagah merupakan kawasan Kabupaten Sios yang dipimpin oleh Adipati Cangak Mengeng.
Baca Juga: Peringati Hari Tani Nasional, MPM PW Muhammadiyah DIY Ajak Jihad Kedaulatan Pangan
Adipati Cangak Mengeng membangun Stupa sebagai tempat peribadatan kedua putrinya yang bernama Nyai Sekar Kenanga, dan Gadung Melati.
Hingga sekarang, masyarakat setempat percaya Stupa Glagah menjadi petilasan bertapa Nyai Sekar Kenanga, dan lumpang bagi menjadi petilasan Nyai Gadung Melati. *
