Menurut cerita tradisional setempat, arsitek masjid ini adalah Chi Hui Gwan (Tjie Wie Gwan) atau yang lebih dikenal dengan julukannya, Patih Sungging Badarduwung.
Patih ini merupakan ayah angkat Sultan Hadlirin yang membantu Ratu Kalinyamat dan masyarakat setempat dalam mendirikan masjid dan makam tersebut.
Masyarakat setempat memperkirakan bahwa ukiran-ukiran kayu yang terdapat di makam adalah karya Chi Hui Gwan.
Antara tahun 1977 dan 1978, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Jawa Tengah melakukan pemugaran terhadap Masjid Mantingan melalui proyek yang bernama "Proyek Pembinaan dan Pemeliharaan Peninggalan Sejarah dan Purbakala Jawa Tengah".
Dalam pemugaran tersebut, ditemukan enam panel relief, sejumlah balok batu putih, dan fondasi bangunan kuno. *