Kasus penularan Covid-19 ini bermula dari satu siswa yang berasal dari luar daerah tidak enak badan. Setelah diperiksa ternyata positif Covid-19.
Hasil pelacakan ditemukan ada puluhan orang, baik siswa dan ustadz pengajar yang dinyatakan positif Covid-19 dengan kondisi rata-rata tanpa gejala, kalaupun ada yang gejala, hanya gejala ringan.
Selanjutnya mereka yang terkonfirmasi positif terpapar Covid-19 ini menjalani isolasi mandiri di satu lantai asrama sekolah, hingga akhirnya mereka dievakuasi ke Selter Isoter Asrama Haji Sleman.*