Nyi Ageng Serang wafat pada tahun 1838. Ia kemudian dimakamkan di Dusun Beku, Banjarharjo, Kalibawang, Kulon Progo sesuai dengan pesan atau wasiatnya sendiri.
MENURUT salah seorang yang pernah menjabat sebagai jurukunci Makam Nyi Ageng Serang di Beku, yakni Arjo Utomo, Dusun Beku dipilih oleh Nyi Ageng Serang sebagai lokasi pemakamannya karena ketika ia bergerilya pernah singgah di Beku. Di Dusun Beku inilah Nyi Ageng Serang mencium aroma tanah yang harum/wangi. Kecuali itu, di Dusun Beku ini pula Nyi Ageng Serang dapat merasakan suasana yang tenang menenteramkan, udara bersih, dan hawa yang sejuk. Tidak aneh jika kemudian lokasi ini digunakannya sebagai tempat peristirahatannya yang terakhir.
Nyi Ageng Serang ingin dimakamkan pada sebuah dusun yang berada di perbukitan karena dengan demikian ia merasa akan dapat selalu berdekatan dengan kawula biasa. Hal ini menunjukkan bahwa kecintaannya pada rakyat biasa tidak pernah luntur. Nyi Ageng Serang juga menyadari bahwa para kawula atau rakyat biasa itu banyak berjasa dalam hidupnya dan di dalam peperangan yang telah dikobarkannya. Hal ini juga menjadi simbol bahwa hati Nyi Ageng Serang selalu dekat, bahkan tidak bisa dipisahkan dengan rakyat. Nisan makam Nyi Ageng Serang terbuat dari marmer dengan warna abu-abu kehitaman.
Pada sisi timur pada jarak sekitar 1 meter terdapat nisan berukuran kecil yang merupakan nisan dari salah satu cucu Nyi Ageng Serang. Pada dinding cungkup bagian dalam, tepatnya di antara pintu masuk cungkup sebelah kanan dan kiri terdapat dua buah foto Nyi Ageng Serang yang diletakkan berderet atas dan bawah. Ruangan cungkup makam ini selalu berbau harum karena setiap peziarah yang datang ke tempat ini hampir selalu memberikan minyak wangi ke tempat yang telah disediakan.
Di samping itu, di atas batu nisan Nyi Ageng Serang ini juga diletakkan tempat bunga tabur secara khusus yang terbuat dari kayu berbentuk persegi. Hal ini dilakukan agar bunga tabur dari peziarah tidak berceceran di sembarang tempat. Pemberian minyak wangi pada nisan Nyi Ageng Serang menurut sumber setempat sebagai simbol penghormatan akan keteladanan Nyi Ageng Serang selama hidupnya. Ibaratnya keteladanan Nyi Ageng Serang telah membuat namanya menjadi harum. Demikian pula nama keluarga, bangsa, dan negaranya. Demikian pula penaburan bunga yang indah dan wangi juga menjadi simbol penghormatan orang yang datang akan dirinya karena Nyi Ageng Serang menjadi salah satu kusuma (bunga) bangsa yang indah dan mewangi namanya. (Albes Sartono)