Tak lama setelah lulus dari jenjang S1, yakni sejak 1987 hingga sekarang, ia aktif mengajar di UGM dengan fokus keilmuan ekonomi syariah.
Pada 1985-1987, ia menjadi Asisten Peneliti di Lembaga Penyelidikan Ekonomi dan Masyarakat Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Indonesia (LPEM FEB UI), yang didirikan oleh Soemitro Djojohadikusumo, ayah dari Presiden Prabowo Subianto.
Baca Juga: Tangkis Serangan Masif, LPS Beberkan Tiga Kunci Ketahanan Siber
Masih di bidang akademik, ia juga aktif sebagai Pengurus Pusat Ikatan Sarjana Ekonomi Indonesia (PP ISEI). Sejumlah jabatan yang pernah diembannya antara lain Sekretaris Umum PP ISEI, Ketua I Bidang Organisasi PP ISEI, serta Wakil Ketua Umum PP ISEI.
Di bidang pemerintahan, Anggito pernah menjabat sebagai Anggota Dewan Ekonomi Nasional pada 1999-2000, Staf Ahli Menteri Keuangan pada 2000-2003, Kepala Badan Kebijakan Fiskal (BKF) Kementerian Keuangan (Kemenkeu) pada 2004-2010.
Selain itu, ia juga menduduki posisi Direktur Jenderal Penyelenggaraan Haji dan Umrah Kementerian Agama pada 2012-2014 serta Kepala Badan Pelaksana Badan Pengelola Keuangan Haji (BPKH) pada 2017-2022.
Anggito juga banyak berkecimpung di sejumlah perusahaan swasta, antara lain sebagai Komisaris Bank Lippo (2003-2008), Komisaris Telkom, serta Chief Economist Bank Rakyat Indonesia (BRI) dan Komisaris BRI Syariah (2014-2017). *