Satu-satunya wakil DIY yang lolos ke babak 16 besar Liga 3 Nasional, Persiba Bantul tergabung di Grup D.
Selain Persiba Bantul, di Grup D ada 757 Kepri Jaya FC, Persikota Tangerang dan Adhyaksa Farmel FC.
Adapun pembagian grup babak 16 besar Liga 3 Nasional selengkapnya sebagai berikut:
Baca Juga: Epy Kusnandar dirawat di RSKO karena depresi, tekanan darah capai 230
Grup A:
Persibo Bojonegoro
PSM Madiun
Waanal Brothers FC
Persikas Subang
Grup B:
Persiku Kudus
NZR Sumbersari
Persekabpas Pasuruan
PSGC Ciamis
Grup C:
PCB Persipasi
Persipani Paniai
Dejan FC
Tornado FC Pekanbaru
Baca Juga: Cemburu dengan sang istri, seorang suami di sleman lakukan penganiayaan
Grup D:
757 Kepri Jaya FC
Persiba Bantul
Persikota Tangerang
Adhyaksa Farmel FC